Водохозяйственный фонд республики включает 476 рек и речек общей протяженностью более 7 тыс. км, 689 озер общей площадью более 2,5 тыс. га, 183 пруда и водохранилища комплексного назначения, а также участки Чебоксарского и Куйбышевского водохранилищ площадью 60 и 7,8 тыс.га соответственно.
Марийский край щедро наделен лесами и озерам удивительной красоты и чистоты. Большинство изученных озер имеют карстовое происхождение, то есть они образовались в результате провалов земной поверхности в местах выноса подземными водами растворимых горных пород. К этой категории относится самое глубокое озеро Среднего Поволжья - Табашинское с глубиной 53 м. Трудно сегодня отыскать водоемы с такой чистой водой, как в озерах Карась, Яльчик, Глухое, Чуркан, Шап, Кичиер. Еще одно озеро республики заслуживает особого внимания, как самое, самое в ряду других. Даже название "Соленое" оно получило благодаря химическому составу своей воды. Если в большинстве озер минерализация воды составляет 30...200 мг/л, то в озере Соленом - 4246 мг/л. Уникальным в гидрологическом и бальнеологическом отношении является холодноводное высокоминерализованное озеро Югидем с очень высокой (более 10 м) прозрачностью и особым ультрамариновым цветом вод. В водоеме обитает подкаменщик обыкновенный – очень редкий пресноводный вид рыб, занесенный в Красную книгу России.
На территории республики подземные воды являются основным источником водоснабжения (порядка 74% от общего водопотребления). Среднесуточное водопотребление подземных вод на одного городского жителя составляет 318 литров при среднем нормативном (для благоустроенного жилья с ванной) - 160…230 литров.
В качестве лечебно–питьевых при санаторно-курортном лечении хронических гастритов, заболеваний печени, язвенной болезни желудка и др. населением используются минеральные воды. На территории республики действуют 3 водозабора минеральной воды в санаториях "Кленовая Гора", "Сосновый Бор" и лечебно-оздоровительном комплексе "Лесная Сказка".
Единственным поверхностным водным объектом республики, используемым в качестве источника питьевого водоснабжения, является река Малая Кокшага, из которой осуществляется забор воды для г.Йошкар-Олы.
На вопросы представителей 6 республиканских СМИ ответили первые лица территориальных органов Росприроднадзора, Роспотребнадзора, Росводресурсов, Росрыболовства, республиканских и муниципальных природоохранных органов, Маргидромета, одного из основных республиканских водопользователей – МУП «Водоканал г.Йошкар-Олы».
Были отмечены природопользователи, осуществляющие водоохранные мероприятия за счет собственных средств (16,7 млн.рублей). Это МУП "Водоканал" г.Йошкар-Олы (закончена реконструкция и проведены пуско-наладочные работы на первой (старой) линии биологической очистки на очистных сооружениях канализации г.Йошкар-Олы (9,2 млн. руб.), что позволило остановить для очистки и ремонта вторую линию биологической очистки, которые будут проведены в 2011-2013 году, а также снизить в сбрасываемых в р.М.Кокшагу сточных водах концентрацию загрязняющих веществ по ХПК на 9%, нитритам на 22%, взвешенным веществам на 16,5 %, фосфатам на 20%). ОАО "Марийский целлюлозно-бумажный комбинат" ежегодно тратит большие средства на водоохранные мероприятия. В 2010 году здесь проведены мероприятия по дальнейшему уменьшению забора воды из р.Волги за счет увеличения мощности оборотной и повторно-последовательной систем водоснабжения (2,6 млн.руб.). МУП "Водоснабжение" МО городской округ "Город "Козьмодемьянск" проводит капитальный ремонт и реконструкцию очистных сооружений канализации г.Козьмодемьянска (645,5 тыс. руб.), что позволило снизить сброс в р.Волгу загрязняющих веществ по БПК на 11%.
Предприятиями республики затампонировано 27 непригодных к дальнейшей эксплуатации артезианских скважин.
Конечно же, были затронуты и проблемы водопользования. Главная из них – это изношенные и не нормативно работающие ОСК, негативное влияние Чебоксарского водохранилища, бездействующие и бесхозяйные артезианские скважины, безлицензионное пользование недрами.
Аварийных сбросов с территории республики неочищенных сточных вод в поверхностные водные объекты, чрезвычайных ситуаций на водных объектах в 2010 году не зарегистрировано. Кроме того, не было допущено фактов загрязнения недр, аварий, чрезвычайных ситуаций на объектах недропользования на территории республики, повлекших вред окружающей среде.